《刺客教條：暗影者》（Assassin’s Creed Shadows）因遊戲內容爭議首次在日本國會上議院中被討論。源自於本作首度採用曾效忠織田信長的外籍黑人彌助做為其中一位主角，加上測試版遊戲中畫面顯示彌助在神社內破壞祭壇引發玩家關注逐日升溫並受到日本媒體報導，今日在自民黨議員加田裕之的提問時間作為議題討論。
日本產經新聞報導，在今日上議院預算委員會上，自民黨議員加田裕之向政府提問，對於這類內容是否適當，並指出相關畫面已透過影音平台公開。對此，日本首相石破茂回應：「對於一個國家的文化與宗教，應當抱持尊重的態度，若有違背這一點的行為，應該明確表示不會接受。」
遭受爭議的畫面來自遊戲內一座實際存在的神社「播磨國總社 射楯兵主神社」（位於兵庫縣姫路市）。在先行試玩影片中，玩家可操控彌助在神社內使用武士刀破壞 太鼓、神鏡、祭壇，甚至攻擊神職人員，引發神社方面的不滿。而編輯在取得媒體先行版後驗證了確實有這種狀況發生。
雖然要營造這種畫面，是根據玩家的操作行為所觸發，但已經有消息傳出神社方面對此表達不快，並強調 Ubisoft 未曾聯繫或取得神社名稱使用許可。在質詢中參議員加田裕之直言：「遊戲內未經允許實名神社，玩家可在其中進行破壞行為，甚至攻擊神職人員。神社方面確認，從未收到 Ubisoft 方面的聯繫或授權請求。」對此經濟產業省副大臣大串正樹表示「在商業用途上，應獲得擁有知識財產權的個人或團體的授權。儘管具體情況需由相關當事方協商，但若神社方面尋求政府協助，相關機構將聯合應對。」
加田裕之指出，這類無授權使用日本文化、建築，甚至允許玩家進行破壞行為，恐將助長觀光公害（Over-tourism）。如果這樣的內容被現實模仿，可能對當地社會造成影響。當然我們尊重創作表現自由，但對於 輕視他國文化的行為，應該要有所節制。」
石破首相則回應：「在法律上我們將與 經濟產業省、文部科學省、外務省進行討論。在神社塗鴉已是不當行為，這種行為更是對一個國家的侮辱。我們必須向世界傳達一個明確的訊息：尊重文化與宗教是理所當然的，對於不尊重的行為，我們不會視而不見。」
另一方面，日本媒體披露「Ubisoft 將於《刺客教條：暗影者》發售當日推出修正檔，並公開了兩項主要改動，首先攻擊未持武器的 NPC 時，將不會出現流血效果，同時寺廟與神社中的流血表現將被減少。寺廟與神社內的桌子與擱架將無法被破壞。」這意味著針對玩家在神社內攻擊平民或破壞物品的問題將不再發售版看到。
從上可知 Ubisoft 將修正以回應外界的批評與擔憂，不過隨著遊戲正式發售到來，被放大檢視的細節可能只會更多，目前《刺客教條：暗影者》在日本的 Steam 版本預售狀況並未有明顯提昇，但相對的在亞洲國家方面，中國、韓國、新加坡的預售排行均有提昇，在比利時、巴西、德國更是提昇排行，最佳的佔據銷售排行的前兩位，不過要注意STEAM榜單是用銷售額計算，目前而言本作已經不是單純的趣味性，視玩家對於日本歷史的認同與了解性，將有不同的評價反應。
