《尼爾：自動人形》擁有 26 種不同的結局，但在上市一週年製作團隊接受日本法米通週刊訪談時，透露了還有一個糟糕的「祕密」未被玩家發現，現在已經有模改玩家得知了祕密的真實面貌，製作人橫尾太郎同步證實了在遊戲發售 3 年又 10 個月後，終於有玩家找到了。
2017 年發售的《尼爾：自動人形》，玩家可以反覆遊玩得到 A 至 Z 的 26 種結局，但其中真正到達最終結局的「E」則至少需要三周目的努力，玩家會在最終的結局畫面中看到其他玩家的存檔資料，用以在結局 E 的傳統彈幕遊戲中協助你破關，而且此時你就可以選擇犧牲自己的存檔紀錄，讓網路上的其他玩家有機會通關。
模改玩家 Lance McDonald 經過數百小時的逆向工程，展示了一段影片，玩家可以在 2B 突入廢棄工廠，擊敗第一個 BOSS「Mar X」 之後，利用某些動作指令，直接達到刪除存檔紀錄的最終結局，他表示會盡快釋出完整的指令解說，且在他公開出影片後，製作人橫尾太郎也回應了過了 3 年 10 個月終於有人發現，並且 Nier 官方推特也立即發出公告，表示遊戲的「最終祕密」已經被發現，如果還沒通關的玩家，請特別注意社群網路上的相關訊息，避免被劇透。
在 Lance McDonald 公佈他的發現後，隨即有人察覺了祕密的真相就是被稱為「白金指令（プラチナコマンド ）」的特殊密技，在打敗第一個 BOSS 之後的場地特定區域內，按住「R2」按鍵，快速输入上下上右左 □◯△×」指令即可觸發，這個指令與過去白金工作室公開使用於《魔兵驚天錄》、《神奇 101》當中的特殊指令模式相同。