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本作分為主線遺跡、角色支線以及咖啡廳委託事件等，但製作人表示這次支線沒有時間限制的問題，但是在遺跡攻略的順序上會配合夥伴的加入觸發額外劇情，最後則會有一點時間限制關聯的事件，可能要請玩家注意一下。咖啡廳委託事件不進行並不會遭受處罰，但是反過來說完成了將可以提昇主角在王都的聲望，也能開啟支線事件的觸發，所以還是很鼓勵玩家進行的。細井順三表示本作單看主線劇情約有 40 小時，加上角色支線數量是前作的 1.5 倍，總共可提供 80 小時的內容。
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《萊莎的鍊金工房 2》更明顯的改變在於戰鬥系統，製作人表示節奏雖然變得更像即時戰鬥，但是本質還是鍊金要素的角色扮演遊戲，為了讓完成度更高，才改良了戰鬥系統。本作看起來雖然似乎難度較高，但是核心上並沒有太大改變，新手可以先習慣控制單一角色，上手了才開始延伸切換角色的玩法。另外考量新夥伴的加入，為了讓更多人上場，也增加了第四名即時支援角色可以發動魔法/物理傷害，讓玩家的戰鬥手法更具有靈活性，對於這次新增更多戰鬥運鏡，製作人表示如果玩家有需求的話，可以考慮追加讓玩家操作運境的設定。
